Le procédé SCFE consiste dans une première phase appelée phase d'extraction, à injecter sous haute pression (200 à 600 bars) et à des températures oscillant entre 30 et 150°C, du dioxyde de carbone ou une autre substance chimique dans un état 'supercritique' (ni liquide, ni gazeux) dans les cellules de l'huile de poisson jusqu'à leur éclatement. La deuxième étape consiste à scinder, c'est-à-dire enlever ce dont on a besoin (p. ex. les DHA ou EPA) et rajouter partiellement ultérieurement ce qui a été perdu (p. ex. les vitamines E). Dans leur livre ‘Mieux comprendre les graisses et l'huile’, M. Murray et J. Beutler écrivent ce qui suit à propos du procédé SCFE: ‘Les acheteurs mal informés et les producteurs de supplémentas sont attirés par les plus faibles températures (et le temps de production réduit) lors du processus SCFE. Après l'huile raffinée en masse, le procédé SCFE fournit malheureusement la plus mauvaise qualité.

La méthode SCFE rend l'huile moins stable, cause une plus importante lipoperoxydation, modifie la structure des profils de graisse, réduit la teneur minérale et fractionne les formations triglycérides. En outre, l'huile SCFA ne contient plus de phospholipides (p. ex. la lécithine), ni de vitamines E. Le procédé SCFA est plus dommageable pour les graisses poly-insaturées que l'extraction à l'hexane (solvants)’ (102). Cette méthode fournit un produit techniquement pur, mais raffiné à l'image du sucre blanc et du pain blanc. Pourtant, ce produit "pur" est tout sauf sain, car il a été séparé de ses amis (les micro-nutriments que la nature lui avait ajoutés). Quoi que les fabricants tentent de nous faire croire, les amateurs de la nature à l'état pur ne peuvent être adeptes de l'huile de poisson pharmaceutique.